Ο ΣΤΕΦΑΝΟΣ ΤΡΑΧΑΝΑΣ διδάσκει, μεταξύ άλλων, κβαντική φυσική και διαφορικές εξισώσεις στο τμήμα Φυσικής του Πανεπιστημίου Κρήτης από το 1983. Από το 1986 είναι μέλος του επιστημονικού προσωπικού του Ιδρύματος Τεχνολογίας και Έρευνας (ΙΤΕ), και η διδασκαλία του στο τμήμα Φυσικής προσφέρεται δωρεάν.
Είναι συγγραφέας έντεκα πανεπιστημιακών συγγραμμάτων στα παραπάνω πεδία, καθώς και των βιβλίων Το φάντασμα της όπερας: Η επιστήμη στον πολιτισμό μας και Το αμάρτημα της Εύας: Φυσική κάτω από τ’ άστρα και δημιουργική μάθηση, Ο κύκλος: επιστήμη και δημοκρατία σε ανήσυχους καιρούς και Ο βομβιστής και ο στρατηγός: Ιστορώντας την κβαντική επανάσταση, 1900-2025, τα οποία απευθύνονται στο ευρύτερο κοινό. Το βιβλίο του An Introduction to Quantum Physics κυκλοφόρησε το 2018 από τον εκδοτικό οίκο Wiley. Υπό έκδοση για το 2025 βρίσκεται επίσης το βιβλίο του Κβαντομηχανική Λυκείου: Για τη χαρά της ανακάλυψης, το οποίο απευθύνεται κυρίως σε εκπαιδευτικούς και ανήσυχους μαθητές.
Το 2003 ανακηρύχθηκε σε επίτιμο διδάκτορα του Πανεπιστημίου Κρήτης, ενώ το 2012 του απονεμήθηκε το Εθνικό Βραβείο Εξαίρετης Πανεπιστημιακής Διδασκαλίας εις μνήμην Ξανθόπουλου – Πνευματικού. Για το σύνολο της προσφοράς του τιμήθηκε το 2015 με τον Ανώτερο Ταξιάρχη του Φοίνικα της Ελληνικής Δημοκρατίας. Το 2022, το τμήμα Φυσικής του Πανεπιστημίου Κρήτης έδωσε το όνομά του σε ένα από τα αμφιθέατρά του, ενώ το 2023 ο Δήμος Ηρακλείου τού απένειμε το Βραβείο Ηθικής Τάξεως της πόλης και το ΙΤΕ τον τίτλο του Διακεκριμένου Μέλους του.
Ως ιδρυτικό μέλος και διευθυντής των Πανεπιστημιακών Εκδόσεων Κρήτης (ΠΕΚ) του ΙΤΕ μέχρι το 2013, είχε τη βασική ευθύνη για τη δημιουργία του πρώτου πανεπιστημιακού εκδοτικού οίκου της χώρας. Τα τελευταία χρόνια, το ενδιαφέρον του στράφηκε στα ανοικτά διαδικτυακά μαθήματα και τους νέους δρόμους που αυτά ανοίγουν για την εξίσωση των ευκαιριών στην ποιοτική εκπαίδευση. Πιστεύοντας ότι η χώρα μας δεν μπορεί να μείνει έξω από τις επαναστατικές αλλαγές που συντελούνται αλλού σε αυτό το θέμα, πήρε την πρωτοβουλία για την ίδρυση του Κέντρου Ανοικτών Διαδικτυακών Μαθημάτων Mathesis –ενός αυτόνομου και αυτοχρηματοδοτούμενου τμήματος των ΠΕΚ– στο οποίο και προσφέρει εθελοντικά την εργασία του τόσο ως διευθυντής του όσο και ως δάσκαλος ή συγγραφέας. Η επιτυχία του «πειράματος» είναι το προσωπικό του στοίχημα για τα επόμενα χρόνια.
